Đại học Đông Dương được thành lập ngày 16/5/1906, tức là cách đây gần đúng một thế kỷ, tính theo ngày mà Toàn quyền Pháp tại Đông Dương lúc bấy giờ là Paul Beau ký quyết định chuẩn y các đề nghị của Hội đồng Hoàn bị giáo dục (thành lập ngày 1/3/1906), theo đó, một Đại học Đông Dương (Université Indochinoise) được thiết lập. Tuy nhiên, Đại học Đông Dương phải chờ một năm nữa mới được chính thức khai trương và cơ cấu cụ thể lúc nó đi vào vận hành như một trường đại học đã có nhiều thay đổi so với những tính toán ban đầu được ghi trong quyết định lập trường.

Vì sao thực dân Pháp lại thành lập Đại học Đông Dương? Trong quyết định, Paul Beau đã nói rõ, cơ sở đào tạo này có nhiệm vụ phổ biến ở Viễn Đông, chủ yếu thông qua tiếng Pháp, những kiến thức về các ngành khoa học và các phương pháp châu Âu. Đó là lý do chủ yếu. Vào năm 1906, khi chưa có ý tưởng thành lập Đại học Đông Dương, một số cơ sở nghiên cứu và giáo dục bậc đại học của Pháp đã tồn tại ở Đông Dương mà trước hết là tại Hà Nội. Có thể kể ra những cơ sở này như Phái bộ Khoa học Thường trực, trường Y khoa, trường Thú y... Các cơ sở đào tạo này cung cấp cho bộ máy hành chính thuộc địa những nhà chuyên môn người bản xứ nhưng được đào tạo theo lối Âu châu và họ đã tỏ ra ích dụng trong sự cộng tác với các viên chức người Pháp. Chính nhu cầu về nguồn nhân lực là lý do chủ yếu khiến chính quyền thuộc địa của Paul Beau nghĩ đến một nền đại học tại chỗ. Nhưng còn có những lý do khác

Những người thành lập Đại học Đông Dương mong muốn “đáp ứng” nhu cầu ham tìm tòi, nghiên cứu của người bản xứ, trước hết là người Việt, trong lĩnh vực khoa học. Chúng ta không biết khi nêu ra mục đích kích thích sự nghiên cứu khoa học, các chính khách thực dân thành thực đến đâu, song có một điều chắc là họ đã nhận biết cái nung nấu trong tâm thức của nhiều người Việt lúc bấy giờ là ước vọng duy tân. Cuộc xâm lược của thực dân Pháp không chỉ là một thử thách đối với chế độ phong kiến Việt Nam, đối với truyền thống yêu nước của dân tộc mà còn là một thử thách đối với nền văn minh Hán hoá, trong đó giáo dục là một thước đo. Nền văn minh này đã hàng ngàn năm ngủ yên trên những giáo lý của đạo Khổng. Thực tế lịch sử đã chứng minh rằng, tinh thần tôn quân không bịt được nòng đại bác, kiếm sắc không ngăn được tàu chiến. Dân tộc ta đã chiến đấu, đã hy sinh, nhưng đã bị nô dịch. Vào thời điểm chuyển giao giữa thế kỷ XIX và thế kỷ XX, những trí thức hàng đầu của dân tộc lúc bầy giờ như Phan Bội Châu, Phan Châu Trinh, Lương Văn Can, tức là những người xuất thân từ chính cửa Khổng, sân Trình, đã ý thức về việc phải từ bỏ nền học cũ. Đông Kinh nghĩa thục (1907) là biểu hiện cụ thể của sự từ bỏ dũng cảm đó. Nó là kết quả của Phong trào Duy tân, một hướng tư tưởng đã kích thích hàng trăm thanh niên ưu tú của Việt Nam tìm đường qua Trung Hoa, sang Nhật Bản, nơi có những trường đại học kiểu châu Âu để tìm cách theo học. Theo chúng tôi nghĩ, có một lý do là, chế độ thực dân muốn “níu chân” những thanh niên này ở Hà Nội, giữ họ trong vòng kiềm toả, nên đã vội vàng thành lập Đại học Đông Dương.

Đại học Đông Dương được thành lập vội vàng, vì nó đã không được trù tính trước, cả về mặt tài chính lẫn nguồn sinh viên theo học. Paul Beau đã bị phê phán là kẻ “đóng xe trước khi nuôi bò”. Vì không có ngay nguồn tài chính nên mặc dù quyết định lập trường được ký năm 1906 nhưng phải đợi một năm nữa thì khoản chi cho Đại học Đông Dương mới được đưa vào tài khoá của chính quyền thuộc địa. Sau rất nhiều quyết định sửa đổi và bổ sung cho quyết định đã ký ngày 16/5/1906, Ban điều hành lâm thời và các giáo sư của Đại học Đông Dương mới chính thức ra mắt công chúng vào ngày 10/11/1907, tại một cơ sở của Phủ toàn quyền cũ ở Hà Nội, bây giờ là 19 Lê Thánh Tông - một cơ sở của Đại học Quốc gia Hà Nội. Vì không được trù tính trước về người theo học nên khi trường chính thức mở cửa, vài tuần sau khi Ban Giám hiệu ra mắt, chỉ có 94 người xin ghi danh. Số người thực học năm đầu tiên còn ít hơn nữa. Cho đến ngày 15/6/1908, ngày thầy và trò trường Đại học Đông Dương nghỉ hè sau năm học đầu tiên, con số sinh viên chính thức còn lại là 41 người. Để biết vì sao con số học sinh ghi danh lại ít như vậy, chúng ta nên biết qua tình hình giáo dục phổ thông, nguồn cung cấp sinh viên cho đại học, vào mấy năm đầu thế kỷ.

Phác thảo nguyên gốc của bức tranh còn lưu giữ tại Trung tâm Lưu trữ Quốc gia I ở Hà Nội. Trong các tài liệu này còn nguyên chữ ký và nét bút của họa sĩ Victor Tardieu

Từ năm 1861, ngay sau khi xâm lược một phần thuộc miền Đông Nam bộ (chiến tranh nổ ra từ 1858), viên đô đốc hải quân Charner đã cho mở trường dạy chữ quốc ngữ để tuyển chọn viên chức hành chính. Thứ văn tự này xuất hiện sớm hơn nữa, từ thế kỷ XVII, trong môi trường truyền giáo đạo Cơ đốc nhưng chỉ đến năm 1878, nó mới bắt đầu được dùng như là văn tự hành chính duy nhất tại Nam bộ thuộc Pháp. Tại miền Bắc và miền Trung, nhà Nguyễn vẫn duy trì việc dạy và tuyển chọn công chức bằng chữ Hán, tức là theo truyền thống học đường cũ. Vào năm 1906, năm có quyết định mở trường Đại học Đông Dương, số thí sinh ứng thí vào khoa thi chữ Hán vẫn còn là 6121 người, một con số rất có ý nghĩa, nếu ta biết rằng, khoa thi áp chót (1912), con số này chỉ còn là 1.312. Đến năm 1915, khoa thi chữ Hán cuối cùng còn được tiến hành và sắc lệnh khai tử cho nền học cũ của nhà vua chỉ được ký ngày 14/7/1919. Như vậy, Đại học Đông Dương ra đời trong buổi giao thời của hai hệ thống giáo dục phổ thông. Muốn vào học đại học, trên nguyên tắc là phải có bằng tú tài Pháp hoặc chứng chỉ tương đương với nó. Nhưng trên toàn đất nước ta lúc đó, chỉ có trường Chasseloup - Laubat tại Sài gòn, vốn khởi đầu từ một trường sư phạm (đào tạo giáo viên tiểu học từ 1874) là có chương trình dạy như một trường trung học của Pháp. Hệ thống giáo dục phổ thông kiểu mới, được gọi với cái tên là trường Pháp - Việt (école Franco-Annamite), Pháp - bản xứ (école Franco - Indigène) hay Pháp - Đông Dương (école Franco - Indochinoise) chỉ manh nha sau sắc lệnh thiết lập nó, ký ngày 27/4/1904, và trong những năm đầu, cũng chỉ có hai bậc tiểu học (tiểu học và cao đẳng tiểu học), với thời gian đào tạo là chín năm. Để có bằng tú tài toàn phần, cần có thêm ba năm trung học nữa, tức là 12 năm học tất cả. Vì thế, ngay cả khi chậm lại một năm, Đại học Đông Dương chiêu sinh trong hoàn cảnh mà giáo dục phổ thông gần như cũng chỉ mới bắt đầu như nó, mà lại chưa có bậc trung học. Điều này giải thích vì sao số người ghi danh vào đại học khi bắt đầu năm học đầu tiên (1907-1908) là rất ít và không phải là học sinh phổ thông theo hệ thống các trường Pháp - Việt.