1. Hội đồng liên ngành Toán - Cơ - Tin học

2. Hội đồng liên ngành Vật lý - Điện tử - Viễn thông

3. Hội đồng ngành Hóa học

4. Hội đồng ngành Sinh học

5. Hội đồng liên ngành Các khoa học Trái đất - Môi trường

6. Hội đồng liên ngành Văn học - Báo chí

7. Hội đồng liên ngành Ngôn ngữ - Ngoại ngữ

8. Hội đồng liên ngành Các khoa học Lịch sử

9. Hội đồng liên ngành Các khoa học về Chính trị và Quản lý

10. Hội đồng liên ngành Luật - Kinh tế

11. Hội đồng liên ngành Tâm lý - Giáo dục 

12. Hội đồng liên ngành Khu vực học và Quốc tế học

Các Hội đồng ngành, liên ngành có nhiệm vụ tư vấn cho Giám đốc Đại học Quốc gia Hà Nội về công tác đào tạo và nghiên cứu khoa học - công nghệ thuộc lĩnh vực chuyên môn của ngành, liên ngành.

Hội đồng hoạt động theo “Quy định về tổ chức và hoạt động của ĐHQGHN” do Giám đốc ĐHQGHN ban hành kèm theo Quyết định số 600/TCCB ngày 1 tháng 10 năm 2001.