Báo cáo tổng kết năm học 2007-2008 và khoá học 2005-2008 của PGS.TS Bùi Duy Cam - Hiệu trưởng trường ĐHKHTN đã nêu bật những thành tích mà học sinh hệ THPT chuyên đã đạt được. Tỉ lệ HS giỏi và xuất sắc luôn ở mức từ 68 % đến 93%, 100% HS đạt hạnh kiểm tốt. Khi còn là HS lớp 11, nhiều HS đã tham gia thi HS giỏi và đạt giải cao như: HS khối chuyên Toán Tin đoạt 01 giải nhất môn tin học, 01 giải nhì môn toán 01giải Ba môn toán trong kỳ thi HS giỏi quốc gia, 01 huy chương vàng môn toán ở kỳ thi Olympic toán quốc tế; HS khối chuyên vật lý: 01 giải nhất, 01 giải ba cấp quốc gia, 01 huy chương bạc trong kỳ thi Olympic vật lý quốc tế, 01 huy chương đồng Olympic vật lý châu Á; HS khối chuyên hóa học: 01 giải nhì,  01 khuyến khích cấp quốc gia. Tại kỳ thi học sinh giỏi quốc gia 2008 (chỉ riêng khối 12) đã có: 02 giải nhất (môn vật lý có 1 giải và hóa học: 1), 09 giải nhì (vật lý: 4, hóa học: 2, sinh học: 2, tin học: 1), 05 giải ba và 02 giải khuyến khích, 01 học sinh đoạt huy chương vàng và một huy chương đồng tại Olympic vật lý châu Á, đã có hai HS được chọn vào các đội tuyển đi dự thi Olympic vật lý và hóa học quốc tế. Một tấm gương tiêu biểu đó là HS Đỗ Hoàng Anh lớp 12 chuyên vậy lý. Trong 2 năm, Hoàng Anh đã đoạt 01 giải nhất, 01 giải nhì quốc gia, 01 huy chương đồng, 01 huy chương vàng Olympic vật lý châu Á, 01 huy chương bạc vật lý quốc tế năm 2007 và hiện em đã được chọn vào đội tuyển dự thi Olympic vật lý quốc tế 2008. Ngoài thời gian giành cho học tập, HS hệ THPT chuyên còn tích cực tham gia những hoạt động ngoại khóa, văn thể như bóng đá, cầu lông, đá cầu, tham các đợt đi dã ngoại thực tập...

Ghi nhận và biểu dương thành tích của học sinh trong toàn khóa học, nhà trường đã khen thưởng cho những học sinh có thành tích trong toàn khóa học và đạt giải cao trong kỳ thi HS giỏi quốc gia năm 2008: 23 HS có thành tích học tập xuất sắc toàn khóa, 28 HS có thành tích học tập xuất sắc năm học 2007-2008, 20 HS là cán bộ Đoàn cán bộ lớp tích cực tham gia công tác tập thể, 10 HS khắc phục khó khăn vươn lên học tốt, 18 HS có thành tích đạt được trong kỳ thi học sinh giỏi quốc gia...