Thực hiện chủ trương của ĐHQGHN về việc triển khai tổ chức đào tạo theo tín chỉ chia làm 2 giai đoạn: Giai đoạn I (2007-2010): Áp dụng những yếu tố tích cực của phương thức đào tạo theo tín chỉ; Giai đoạn II (từ 2010 trở đi): Áp dụng 100% phương thức đào tạo theo tín chỉ. Trường ĐHKHTN đã triển khai việc áp dụng các yếu tố tích của của phương thức đào tạo theo tín chỉ đối với các khóa QH-2006-T (K51) và QH-2007-T (K52) từ học kỳ I năm học 2007-2008 với nội dung cụ thể là: đổi mới phương pháp giảng dạy, phương pháp học tập và phương pháp kiểm tra đánh giá.

Trường ĐHKHTN đã chuyển đổi các chương trình đào tạo phù hợp với phương thức đào tạo theo tín chỉ, gồm: Chương trình đào tạo chuẩn là 22, Chương trình đào tạo tài năng: 5, Chương trình đào tạo chất lượng cao: 6, Ngoài ra, Trường đã phối hợp với Khoa Sư phạm chuyển đổi 4 chương trình đào tạo sư phạm sang tín chỉ và xây dựng 2 chương trình đào tạo tiên tiến. Nhà trường đã tổ chức biên soạn đề cương môn học của tất cả các chương trình đào tạo, phối hợp với các Khoa tổ chức xây dựng thời khóa biểu, thống nhất đề cương môn học, kiểm tra đánh giá ở các ngành học trong toàn trường.

Theo thống kê của nhà trường, kết quả học tập của sinh viên K52 học kỳ I năm học 2007-2008:

- Số sinh viên đạt khá, giỏi (đạt từ 7 điểm trở lên): 29,26%

- Số SV đạt trung bình, trung bình khá (từ điểm 5 đến cận điểm 7): 59,73%

- Số SV đạt điểm từ 4 đến cận 5: 7,39%

- Số SV đạt điểm dưới 4: 3,62%

Tại hội thảo, các đại biểu đã thống nhất với những kết quả bước đầu mà nhà trường đạt được khi áp dụng những yếu tố tích của phương thức đào tạo theo tín chỉ, cũng như một số mặt còn tồn tại, đồng thời đề xuất giải pháp thực hiện trong thời gian tới như: Xây dựng thời khóa biểu sớm hơn và bố trí thời gian lên lớp hợp lý hơn; Tổ chức lấy ý kiến nhận xét của tập thể lớp sinh viên và ý kiến nhận xét của từng sinh viên đối với các môn học; Tăng cường cơ sở vật chất đặc biệt là các trang thiết bị của giảng đường, hệ thống âm thanh, ánh sáng; Cải tạo, nâng cấp hệ thống internet, intranet, thư viện để tạo điều kiện tốt cho cán bộ và sinh viên tìm kiếm tài liệu phục vụ giảng dạy và học tập.