Trong giai đoạn 2001-2008, hoạt động nghiên cứu khoa học và đào tạo (NCKH) tiến sĩ trong các cơ sở đào tạo sau đại học có mối gắn kết và mang lại hiệu quả nhất định. Tuy nhiên, trong các cơ sở đào tạo sau đại học thời gian qua vẫn còn nhiều yếu kém, bất cập. Các bộ, ngành liên quan chưa thật sự quan tâm hoạt động gắn kết NCKH với đào tạo tiến sĩ; chưa có những quy định cụ thể yêu cầu các chủ nhiệm đề tài thu hút các nghiên cứu sinh tham gia nghiên cứu trong đề tài của mình cũng như việc quy định số lượng các công trình được hoàn thành và công bố từ một đề tài NCKH. Việc áp dụng các kết quả NCKH vào biên soạn chương trình, giáo trình, chuyên đề và bài giảng cho đào tạo nghiên cứu sinh còn khiêm tốn. Một số kết quả nghiên cứu đưa vào áp dụng nhưng hiệu quả thấp.

Hội thảo nhất trí và cho rằng, gắn kết NCKH với đào tạo tiến sĩ là xu hướng tất yếu nhằm nâng cao chất lượng hoạt động khoa học-công nghệ cũng như đào tạo nguồn nhân lực chất lượng cao cho đất nước. Để làm được điều đó, cần tập trung đầu tư ba yếu tố cơ bản, đó là con người, là môi trường NCKH và hệ thống cơ chế, chính sách. Theo đó, trước mắt, cần tập trung đổi mới cơ chế tài chính liên quan NCKH và đào tạo tiến sĩ theo hướng nâng cao tính tự chủ cho các cơ quan NCKH; đổi mới cơ chế quản lý hoạt động NCKH và đào tạo tiến sĩ. Hoàn thiện chính sách tạo môi trường gắn kết NCKH và đào tạo tiến sĩ như tăng quyền tự chủ và tạo động lực cho các cơ sở và cán bộ tham gia NCKH và đào tạo tiến sĩ; hoàn thiện chính sách hợp tác quốc tế về KH và CN,…