1. Xây dựng hệ thống tổ chức và qui chế xét chọn, quản lý và đánh giá các đề tài khoa học

Hệ thống các đề tài nghiên cứu khoa học- công nghệ và dự án sử dụng nguồn kinh phí sự nghiệp khoa học công nghệ của ĐHQGHN được tổ chức thành 5 loại:

a.     Đề tài nghiên cứu khoa học cấp cơ sở (trường/khoa trực thuộc): kinh phí khoảng 4-8 triệu (thời gian từ 1 đến 2 năm). Loại đề tài này do các trường, khoa trực thuộc quản lý (tuyển chọn theo dõi và đánh giá) với mục đích là tiến hành các nghiên cứu thăm dò và duy trì hoạt động nghiên cứu thường xuyên trong đội ngũ cán bộ giảng dạy.

b.     Đề tài nghiên cứu khoa học (gọi tắt là đề tài khoa học) cấp ĐHQGHN: kinh phí khoảng 5-15 triệu (thời gian từ 1 đến 2 năm). Đây là loại đề tài do ĐHQGHN xét duyệt nhưng giao cho các đơn vị quản lý, cũng có mục đích tương tự như loại đề tài trên nhưng cao hơn một mức.

c.      Đề tài nghiên cứu khoa học đặc biệt (gọi tắt là đề tài đặc biệt) cấp ĐHQGHN: kinh phí khoảng 40-60 triệu (thời gian từ 1 đến 2 năm)

d.     Đề tài nghiên cứu khoa học trọng điểm (gọi tắt là để tài trọng điểm) cấp ĐHQGHN: kinh phí khoảng 300 triệu (thời gian từ 1 đến 2 năm).

Hai loại đề tài c và d do ĐHQGHN trực tiếp tuyển chọn, quản lý và nghiệm thu, nhằm tập trung đầu tư vào các hướng nghiên cứu khoa học, công nghệ ưu tiên của Nhà nước, của ĐHQGHN và xây dựng các tập thể nghiên cứu mạnh, liên ngành, có khả năng thu hút nguồn đầu tư sau nghiên cứu, có khả năng hợp tác trong nước và quốc tế, và đặc biệt là khả năng ứng dụng thực tế cao. Hai loại đề tài này cần phải phục vụ trực tiếp cho công tác đào tạo SĐH.

e.     Dự án sản xuất thử- thử nghiệm cấp ĐHQGHN: Kinh phí từ 40 đến 200 triệu đồng với mức thu hồi kinh phí từ 80-100% (thời gian từ 1 đến 2 năm). Các dự án sản xuất thử- thử nghiệm nhằm triển khai ứng dụng các kết quả nghiên cứu vào thực tế đời sống để hoàn thiện qui trình công nghệ trước khi triển khai ở qui mô lớn.

Tất cả những loại đề tài này đều có tiêu chí và qui trình xét chọn chặt chẽ với các chỉ tiêu đánh giá chi tiết. Mỗi đề cương đề tài đều được gửi đi lấy nhận xét của các phản biện kín từ các cơ quan ngoài đơn vị và được hội đồng ngành, liên ngành thẩm định, đánh giá trước khi được lãnh đạo ĐHQGHN phê duyệt và đưa vào kế hoạch khoa học, công nghệ chính thức.

Cán bộ của ĐHQGHN còn chủ trì hoặc tham gia thực hiện các nhiệm vụ nghiên cứu cơ bản trong khoa học tự nhiên, các đề tài thuộc các chương trình khoa học, công nghệ Nhà nước, các cán bộ, ngành, địa phương hay các tổ chức tư nhân và các đề tài/ dự án hợp tác quốc tế (gồm nhiều loại khác nhau) với kinh phí từ vài ngàn tới hàng triệu USD.

2. Xây dựng các đơn vị nghiên cứu và sự hợp tác với các cơ sở nghiên cứu và sản xuất dịch vụ ngoài ĐHQGHN

          ĐHQGHN đã tổ chức lại hoặc thành lập một số viện và trung tâm nghiên cứu trực thuộc ĐHQGHN hoặc các trường đại học thành viên với vai trò như những đầu mối liên kết các đơn vị trong và ngoài ĐHQGHN, đầu tư trang thiết bị để tổ chức các nghiên cứu liên ngành có tính chất đồng bộ trong một số lĩnh vực quan trọng như công nghệ sinh học, công nghệ thông tin, nghiên cứu tài nguyên thiên nhiên, bảo vệ môi trường và phát triển bền vững, nghiên cứu động lực và môi trường biển, chủ nghĩa Mác- Lê nin và tư tưởng Hồ Chí Minh, Việt Nam học, khu vực học, nghiên cứu về phụ nữ, nghiên cứu phát triển giáo dục và đảm bảo chất lượng đào tạo v.v.

Hiện nay, ĐHQGHN có 27 viện và trung tâm nghiên cứu. Nhiều trung tâm đã có những chương trình nghiên cứu cấp Nhà nước (Trung tâm nghiên cứu tài nguyên và môi trường, Trung tâm Công nghệ sinh học, Trung tâm Nghiên cứu động lực và môi trường biển, Trung tâm Việt Nam học và giao lưu Văn hoá, Trung tâm Đảm bảo chất lượng đào tạo và Nghiên cứu phát triển Giáo dục) hoặc các đề tài hợp tác quốc tế lớn (Trung tâm Hoá môi trường, Trung tâm Nghiên cứu Tài nguyên và Môi trường) và đã thực sự phát huy  được vai trò là các đầu mối và trung tâm về nghiên cứu khoa học trong và ngoài nước.

Bên cạnh đó, ĐHQGHN còn liên kết với các viện và các trường đại học khác nhằm tăng cường tiềm năng (chất xám và cơ sở vật chất) và mở rộng địa bàn đào tạo và nghiên cứu khoa học. Từ 2/2000, ĐHQGHN và Trung tâm Khoa học Tự nhiên và Công nghệ quốc gia đã chính thức ký kết văn bản hợp tác về đào tạo nghiên cứu khoa học. Đây là một sáng tạo mới của hai cơ quan, một trung tâm đào tạo và một trung tâm nghiên cứu vào loại lớn nhất của cả nước và hy vọng sẽ mở ra một giai đoạn mới cho sự nghiệp giáo dục đại học của nước ta.