Gồm 90 đvht, được thực hiện trong thời gian 2 năm (hệ tập trung) hoặc 3 năm (hệ tại chức). Người học ở trình độ ThS gọi là học viên cao học (HVCH). Để hoàn thành chương trình, HVCH phải tích luỹ đủ chứng chỉ các môn học, viết và bảo vệ luận văn ThS trước Hội đồng chấm luận văn ThS cấp cơ sở của đơn vị đào tạo. Tốt nghiệp CH, học viên được nhận bằng ThS.

+ Sinh viên hệ chính quy của ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh trong năm tốt nghiệp nếu thoả mãn những điều kiện sau: tốt nghiệp loại giỏi trở lên; ngành tốt nghiệp đại học đúng ngành đào tạo ThS; được khen thưởng về thành tích trong học tập và nghiên cứu khoa học (NCKH).

+ Sinh viên hệ chính quy của các trường đại học không thuộc ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh trong năm tốt nghiệp nếu thoả mãn những điều kiện sau: tốt nghiệp loại xuất sắc và không có môn học nào dưới 5 điểm trong suốt quá trình đào tạo đại học; ngành tốt nghiệp đại học đúng ngành đào tạo ThS; được khen thưởng về thành tích trong học tập và NCKH; được một đơn vị đào tạo của ĐHQGHN đồng ý nhận đào tạo.

Gồm 95 ĐVHT, được thực hiện trong 4 năm đối với người có bằng cử nhân hoặc 2 năm đối với người có bằng ThS. Người học ở bậc TS gọi là nghiên cứu sinh (NCS). Ngoài việc tích luỹ đủ chứng chỉ các môn học, NCS phải viết và bảo vệ luận án TS trước Hội đồng chấm luận án TS cấp nhà nước. Hoàn thành chương trình đào tạo, NCS được cấp bằng TS.

Hàng năm, ĐHQGHN tổ chức 2 đợt thi tuyển sinh SĐH vào tháng 5 và tháng 9. Quy định về tuyển sinh, chương trình và quy trình đào tạo SĐH thực hiện theo Quy chế của Bộ Giáo dục và Đào tạo và các quy định hiện hành của ĐHQGHN.

+ HVCH của ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS trong năm tốt nghiệp nếu thoả mãn các điều kiện sau: dưới 40 tuổi; điểm trung bình chung các môn học ở trình độ ThS đạt 8,0 trở lên; không có môn học nào đạt điểm dưới 7,0 ở lần thi đầu; luận văn đạt 9,0 điểm trở lên, được Hội đồng chấm luận văn nhất trí đánh giá có khả năng phát triển thành luận án TS; hoàn thành chương trình đào tạo đúng thời hạn, không phải tạm ngừng học tập, không phải gia hạn thời gian học tập và bảo vệ luận văn; có ít nhất một bài báo phù hợp với đề tài nghiên cứu, đã được công bố trên tạp chí khoa học cấp quốc gia hoặc quốc tế; chuyên ngành đào tạo ThS đúng chuyên ngành đào tạo TS; được cơ quan quản lý đồng ý cho chuyển tiếp đào tạo TS; có ý kiến đề nghị của cán bộ hướng dẫn luận văn ThS.

+ HVCH của các cơ sở đào tạo SĐH không thuộc ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS trong năm tốt nghiệp nếu thoả mãn những điều kiện sau: dưới 40 tuổi; điểm trung bình chung các môn học ở trình độ ThS đạt 9,0 trở lên; không có môn học nào đạt điểm dưới 8,0 ở lần thi đầu; luận văn đạt 9,5 điểm, được Hội đồng chấm luận văn nhất trí đánh giá có khả năng phát triển thành luận án TS; hoàn thành chương trình đào tạo đúng thời hạn, không phải tạm ngừng học tập, không phải gia hạn thời gian học tập và bảo vệ luận văn; có ít nhất một bài báo phù hợp với đề tài nghiên cứu, đã được công bố trên tạp chí khoa học cấp quốc gia hoặc quốc tế; chuyên ngành đào tạo ThS đúng chuyên ngành đào tạo TS; được cơ quan quản lý đồng ý cho chuyển tiếp sinh đào tạo TS; cán bộ hướng dẫn luận văn đề nghị cho chuyển tiếp sinh đào tạo TS; được một đơn vị đào tạo của ĐHQGHN đồng ý nhận đào tạo.

+ HVCH tốt nghiệp tại cơ sở đào tạo SĐH không thuộc ĐHQGHN nhưng có uy tín về chất lượng đào tạo chuyên ngành đã học (chuyên ngành và cơ sở đào tạo cụ thể do Giám đốc ĐHQGHN quyết định) được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS trong năm tốt nghiệp theo các điều kiện như đối với HVCH của ĐHQGHN. Trường hợp HVCH từ 40 tuổi trở lên nếu đạt các điều kiện về học tập và NCKH (nêu ở 2 điểm trên) vẫn có thể được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS trong năm tốt nghiệp, nhưng phải đóng góp kinh phí hỗ trợ đào tạo và không được cấp sinh hoạt phí từ nguồn ngân sách đào tạo SĐH của ĐHQGHN.

+ Sinh viên của ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS trong năm tốt nghiệp nếu thoả mãn một trong các điều kiện sau: tốt nghiệp hệ cử nhân TN hoặc hệ cử nhân CLC đạt loại giỏi trở lên; tốt nghiệp hệ chính quy tập trung đạt loại xuất sắc; tốt nghiệp hệ chính quy tập trung đạt loại giỏi và có thành tích xuất sắc trong NCKH.

Quy định trên được cụ thể hoá cho năm 2003, như sau:

+ Sinh viên hệ chính quy của ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh đào tạo ThS nếu thoả mãn các điều kiện sau: có kết quả học tập 2 năm cuối đạt loại giỏi trở lên và kết quả học tập 2 năm đầu đạt loại khá trở lên; ngành tốt nghiệp đại học đúng ngành đào tạo ThS; được khen thưởng về thành tích học tập, NCKH cấp trường, khoa trực thuộc trở lên.

+ Sinh viên của ĐHQGHN được xét chuyển tiếp sinh đào tạo TS nếu thỏa mãn các điều kiện sau: tốt nghiệp hệ cử nhân TN hoặc CLC với kết quả học tập 2 năm cuối đạt loại giỏi trở lên và kết quả 2 năm đầu đạt loại khá trở lên; tốt nghiệp hệ chính quy tập trung với kết quả học tập 2 năm cuối đạt loại xuất sắc và kết quả học tập 2 năm đầu đạt loại giỏi trở lên; tốt nghiệp hệ chính quy tập trung với kết quả học tập 2 năm cuối đạt loại giỏi, kết quả học tập 2 năm đầu đạt loại khá trở lên và có thành tích NCKH xuất sắc (đạt giải thưởng NCKH cấp ĐHQGHN và các bộ, ngành, có các công trình khoa học đăng trên các tạp chí chuyên ngành, tuyển tập hội nghị khoa học quốc gia, quốc tế...).

+ Sinh viên tốt nghiệp tại các cơ sở đào tạo không thuộc ĐHQGHN nhưng có uy tín về chất lượng đào tạo chuyên ngành đã học (chuyên ngành và cơ sở đào tạo cụ thể do Giám đốc ĐHQGHN quyết định) được xét chuyển tiếp sinh đào tạo ThS. theo các điều kiện như đối với sinh viên hệ chính quy của ĐHQGHN. (Xem thêm công văn số 157/ĐT ngày 18/6/2003 của ĐHQGHN).

Tất cả các chuyển tiếp sinh đào tạo ThS và TS phải đóng học phí theo quy định chung. Ngoài ra, căn cứ chỉ tiêu đào tạo sau đại học có ngân sách nhà nước được ĐHQGHN phân, thủ trưởng đơn vị đào tạo quyết định việc thực hiện các chế độ:

- Miễn đóng góp kinh phí hỗ trợ đào tạo và cấp sinh hoạt phí từ nguồn ngân sách đào tạo sau đại học của ĐHQGHN;

- Miễn đóng góp kinh phí hỗ trợ đào tạo nhưng không cấp sinh hoạt phí từ nguồn ngân sách đào tạo SĐH của ĐHQGHN;

- Thu kinh phí hỗ trợ đào tạo và không cấp sinh hoạt phí từ nguồn ngân sách đào tạo SĐH của ĐHQGHN đối với chuyển tiếp sinh đào tạo ThS và TS theo thứ tự ưu tiên các đối tượng như sau: tốt nghiệp ĐHQGHN loại xuất sắc; tốt nghiệp chương trình đào tạo cử nhân TN của ĐHQGHN loại giỏi; tốt nghiệp chương trình đào tạo cử nhân CLC của ĐHQGHN loại giỏi; tốt nghiệp đại học hệ chính quy tập trung của ĐHQGHN loại giỏi và có thành tích NCKH tốt; tốt nghiệp tại các cơ sở đào tạo đại học và SĐH khác.